Il Museo della città etrusca e romana di Cortona nasce per volontà del Comune di Cortona dal progetto scientifico di Mario Torelli, ordinario di archeologia etrusca e romana nell’Università di Perugia, che nel 1986 riceveva dal Comune di Cortona l’incarico di redigere e realizzare un progetto organico di indagini sulla antica polis di Cortona e sul suo territorio, per aggiornare il quadro di riferimento storico allora disponibile, ormai insufficiente. Fu una scelta pioneristica (all’epoca, la ricerca archeologica si collocava fuori dagli orizzonti dei comuni) e lungimirante, il cui esito è il Museo della Città Etrusca e Romana di Cortona, che risponde alle aspettative suscitate dai ritrovamenti avvenuti negli ultimi quindici anni (ognuno dei quali rilevante e, nel complesso, di portata eccezionale) e svela agli specialisti e al più vasto pubblico un volto nuovo ed inedito di Cortona, colmando una lacuna importante: Cortona fino ad oggi era l’unica delle grandi metropoli etrusche a non avere un proprio museo archeologico.
Imponenti sono le caratteristiche della nuova realizzazione, a partire dalla struttura. Il museo è ospitato ai piani interrato e seminterrato di uno degli edifici cortonesi più belli, Palazzo Casali, nato dall'accorpamento di più fabbricati, alcuni risalenti al XIII secolo, disposti intorno ad una corte interna. L’edificio (prima residenza dei Casali, signori di Cortona dal 1325 al 1409, dal 1410 palazzo pretorio, sede del commissario fiorentino) ha subito nel corso del tempo numerose trasformazioni nell'assetto e nelle funzioni, agevolmente leggibili tanto nell'aspetto esterno, quanto nella struttura interna. Le sale espositive, oggetto di impegnativi lavori di adeguamento funzionale e di restauro, effettuati dal Comune di Cortona e progettati e diretti dall'architetto Enrico Lavagnino, occupano una superficie di circa mille metri quadri, ricavati ai piani terra e seminterrato di Palazzo Casali, ed inglobano un impressionante tratto murario etrusco lungo oltre quindici metri, riportato alla luce nel corso dei lavori.
Il Museo della Città Etrusca e Romana di Cortona disegna su questa ampia superficie un itinerario che segue l'evoluzione storica della città, nel quale trovano posto tutti i materiali, dalla età villanoviana a quella romana, rinvenuti nel territorio di Cortona dall’Ottocento ai giorni nostri. Il progetto scientifico sul quale è modellato il percorso museale individua le fasi che hanno caratterizzato la vita della città, a partire da quelle più antiche della sua formazione, e ne ricostruisce le dinamiche storiche, politiche, sociali, culturali e religiose attraverso i materiali archeologici, che assumono in questo modo il ruolo di testimoni di quelle dinamiche, non più solo feticci esposti per il loro impatto visivo o per il loro intrinseco valore artistico.
L'allestimento museografico, progettato dagli architetti Giovanni Longobardi e Andrea Mandara, ha dovuto adattare alle esigenze scientifiche della esposizione, che vuole comunicare concetti prima che oggetti, le sale di un edificio storico, dotato di valenze artistiche proprie e di uno specifico valore testimoniale. L’adozione di grandi vetrate in vetro strutturale ha consentito, in un unico percorso, di leggere la storia dell'edificio e di seguire il filo narrativo del racconto espositivo, che risponde ad un tempo a criteri tematici e cronologici, con un'attenzione costante ai contesti antichi di rinvenimento. Le grandi pareti trasparenti, infine, incorporano un esemplare sistema di comunicazione, tradizionale e multimediale, interamente bilingue (in italiano e in inglese), integrata da plastici, ricostruzioni e pannelli braille (per il pubblico non vedente o ipovedente), che la rendono unica nel panorama toscano e con pochissimi confronti in quello nazionale.
Al Museo della città etrusca e romana di Cortona ha direttamente contribuito la Soprintendenza per i Beni Archeologici della Toscana, che ha affidato a Cortona e al suo nuovo museo tutti i materiali conservati a Firenze e tutti quelli restituiti dagli scavi degli ultimi anni, agevolando in questo modo la riuscita di un progetto scientifico, per la cui realizzazione tutti quei materiali erano necessari.
Il Museo della città etrusca e romana di Cortona è parte di un più ampio progetto: la costituzione di un sistema costituito dalle emergenze archeologiche del territorio (alcune di eccezionale rilievo, che coprono un arco temporale che va dal VII secolo a. C. al V secolo d. C.) e dal Museo dell’Accademia Etrusca e della Città di Cortona, al quale spetterà il ruolo di centro erogatore dei servizi di accoglienza, di orientamento e di smistamento dei visitatori verso i complessi archeologici e monumentali.