Le prime due sale che si incontrano uscendo dall’ascensore che conduce alla sezione accademica (dedicate rispettivamente ai fratelli Venuti, fondatori dell’Accademia, e ad Onofrio Baldelli che con il lascito della sua raccolta ne consentì l’avvio dell’attività culturale), descrivono attraverso alcuni significativi oggetti i primi decenni di vita dell’istituzione; alle pareti i ritratti dei fondatori e lo stemma accademico si alternano alle iscrizioni romane raccolte da Onofrio, e nelle vetrine i primi oggetti donati o acquistati, e studiati nel corso delle Notti Coritane, periodiche riunioni dedicate all’illustrazione dei fenomeni storici e artistici: fra i pezzi più significativi una statuetta di Zeus, donata dai Venuti, prodotta in ambiente umbro settentrionale in età arcaica (VII-VI sec. a.C.), o l’anfora etrusca in bucchero donata dal barone tedesco Filippo von Stosch, o la base in bronzo con un’iscrizione etrusca incisa in cui si fa riferimento a curtun (l’antico nome della città); ancora più particolare è la pittura su lavagna nota come Musa Polimnia, ormai riconosciuta come prodotto moderno realizzato ad imitazione di una pittura antica. Fra le prime acquisizioni vanno anche annotate alcune urne volterrane donate da mons. Mario Guarnacci, e una lamina in piombo con iscrizione etrusca, dono di Filippo Buonarroti, fiorentino, primo protettore della neonata Accademia.

Stemma dell'Accademia Etrusca	Bronzetto, particolare	Miracolo di San Benedetto

Attraverso uno stretto ballatoio, dal quale si può ammirare uno stupendo panorama sui tetti e sulle cupole di Cortona e sulla Valdichiana, si entra nella Sala del Biscione. Il grande salone è così denominato per la presenza, in origine, dell'emblema di mons. Giovanni Visconti, arcivescovo di Milano della prima metà del XIV secolo. Alle pareti è presentata una serie di dipinti prevalentemente di ambito toscano compresi fra il XV e il XIX secolo; il criterio espositivo segue, in linea di massima, un ordine cronologico ed inizia, con andamento orario, dalla parete lunga verso il cortile. Una serie di predelle di scuola fiorentina della fine del Quattrocento (Neri di Bicci, Antonio del Ceraiolo) precede alcune tavole attribuite a Luca Signorelli, pittore cortonese, che operò nel territorio di origine ed in Umbria, e alla sua scuola. Una delle opere principali è il grande tondo raffigurante la Madonna con Bambino e i Santi protettori della città, raffigurata come un modello sorretto da San Marco, ed un delizioso presepe ispirato a Luca; seguono una Madonna con Bambino della cerchia di Bartolomeo della Gatta, ed un tondo tradizionalmente attribuito al Pinturicchio.

Altre opere della seconda metà del Cinquecento precedono dipinti del tardo Manierismo e del primo Seicento toscano. Nell'altro settore del salone, è il Miracolo di San Benedetto ora attribuito a Baccio Ciarpi (1574-1654) e la grande pala con Madonna e Santi di Pietro Berrettini detto Il Cortona, già conservata nella chiesa di S.Agostino; il Berrettini, originario di Cortona (1597-1669), è stato uno dei maggiori pittori e architetti del Seicento, attivo soprattutto in ambito romano, dove ha lasciato pregevoli testimonianze della sua opera. Legati alla cultura cosmopolita dell'Accademia Etrusca nel XVIII secolo sono alcuni ritratti di personaggi sia italiani che stranieri, vicini all'istituzione e celebri ciascuno nei propri campi di attività.

Al centro della sala una prima vetrina contiene ceramiche, bronzi e altri materiali donati nell’ultimo secolo all’Accademia, a partire dal lascito Pancrazi, alla donazione Maetzke e a quella Ceppodomo Mori; altre vetrine contengono la raccolta di ceramiche antiche, pervenute in varie epoche e circostanze, disposte in ordine tipologico e cronologico; dato il modo di formazione della collezione accademica, sono rappresentate molte delle classi di produzione antiche, a partire dal bucchero etrusco (presente in molte forme significative), alla ceramica etrusca dipinta, alla ceramica attica (notevole un’anfora di tipo “tirrenico” con Eracle e il leone Nemeo). Si possono inoltre vedere alcuni esemplari realizzati in ambiente magnogreco, come i vasi apuli, quelli campani, e vari pezzi della fabbrica di Gnathia, caratterizzati dalla sovradipintura in bianco e colori vivaci su fondo nero; fra le produzioni più recenti è la serie di ceramiche a vernice nera, di età ellenistica, prodotte in ambito etrusco-romano come oggetti fini da mensa. Segue la serie di bronzetti, di produzione etrusca, italica e romana, in gran parte di provenienza locale: fra i molti esemplari, sono degni di nota vari pezzi arcaici di divinità e offerenti, personaggi e animali di tipo schematico di produzione umbro-italica, le “corone radiate” di epoca ellenistica, e due bronzetti, raffiguranti Culsans e Selvans, rinvenuti nei pressi delle mura di Cortona nel 1847, con la dedica in caratteri etruschi dell'offerente, realizzati da un artigiano locale fra il III e il II sec. a.C. Accanto a frammenti di laterizi con bollo dell’officina di produzione e a intonaci dipinti, una vetrina contiene oggetti realizzati in epoca moderna ad imitazione di pezzi antichi, secondo un’usanza assai diffusa nel Settecento ed ancora più nell’Ottocento, in genere nelle raccolte private.

Ad alcuni oggetti di età preistorica e a molti instrumenta (cioè oggetti di uso comune di epoca etrusca e romana, fra i quali è notevole un candelabro in bronzo), si aggiungono una serie di ceramiche di epoca romana, fra le quali una coppetta in terra sigillata con marchio del produttore, di balsamari in vetro e di materiali d’uso in bronzo.
L’ultima vetrina contiene alcune terrecotte votive raffiguranti bambini in fasce, provenienti da un luogo sacro presso Peciano, nella campagna di Cortona, ed alcuni oggetti decorativi di epoca rinascimentale: notevole una statuetta in bronzo raffigurante Marsia, derivata da un originale del Pollaiolo.