Sotto la grande arcata che separa il salone dalla veranda è disposta una serie di urne cinerarie in pietra e travertino, sia di produzione chiusina che perugina e di terracotta a stampo prodotte in ambito chiusino e probabilmente provenienti dalla campagna cortonese, in cui più forti erano gli influssi culturali chiusini.
In fondo al salone, una sala è riservata al lampadario etrusco in bronzo, rinvenuto nel 1840 nella campagna cortonese, che rappresenta uno degli elementi qualificanti della collezione accademica; opera dell'artigianato artistico del V-IV sec. a.C., presenta una complessa decorazione a fasce concentriche, terminante nella raffigurazione del gorgoneion.

Lampadario etrusco in bronzo	Trittico con Madonna con Bambino e Santi

Ancora dal salone si accede alla sala del Medioevo cortonese, in cui sono presentate importanti sculture provenienti dalla vecchia cattedrale di San Vincenzo ed un mosaico di tipo bizantino che era conservato nella chiesa di S. Andrea. La chiesa sorgeva nel luogo in cui ora si trovano il teatro Signorelli e il loggiato antistante il suo ingresso; fondata già in epoca paleocristiana, era orientata verso ovest, aveva probabilmente tre navate ed era absidata: trovandosi di fronte al palazzo comunale, era forse utilizzata per le cerimonie ufficiali del Comune. La chiesa, soppressa e annessa al Demanio sotto il regno del granduca Pietro Leopoldo, fu abbattuta nel 1788 e sostituita da un loggiato per il mercato dei cereali. L’immagine della Vergine a mosaico era collocata su una parete laterale: dopo la distruzione della chiesa fu collocata sotto il nuovo loggiato e quindi nel palazzo comunale; fu infine trasferita nel Museo dell’Accademia.
Lungo le pareti sono state raggruppate alcune opere di pittura dei secoli XIII e XIV di scuola toscana, in genere provenienti dal territorio cortonese, assieme a dipinti quattrocenteschi caratterizzati da un'impostazione stilistica ancora tardo-gotica o, comunque, arcaizzante; domina un trittico con Madonna con Bambino e Santi di Bicci di Lorenzo, già appartenuto alla collezione Tommasi Baldelli, a cui un recente restauro ha restituito splendore e luminosità.
Nella vetrina centrale sono conservati un pregevole calice vitreo paleocristiano con iscrizione cristologica, materiali di epoca longobarda, rinvenuti nel territorio, una moneta in bronzo di zecca cortonese e una serie di placchette di avorio della Bottega degli Embriachi, di epoca quattrocentesca.

Maternità, Gino Severini

Attraverso la scala posta di lato si scende nella sala Severini. Il pittore Gino Severini (1883-1966), uno dei fondatori e massimi rappresentanti del movimento futurista, era originario di Cortona; dopo una serie di vicissitudini lasciò ancora giovane la sua città per raggiungere la Parigi della fine del secolo XIX, piena di attrazioni e stimoli culturali; non dimenticò mai tuttavia la propria città natale, nella quale tornava periodicamente e dove aveva molte amicizie; così desiderò legare il proprio nome a Cortona, donando una serie di opere dei vari periodi storici della sua attività artistica, ed affidandole al Museo dell’Accademia, della quale egli stesso fu socio. La donazione, ufficializzata dalla vedova e dalle figlie dopo la sua morte, fu ulteriormente arricchita da altre opere donate dalla famiglia e da Alfonso Leonetti, un famoso intellettuale, anch’egli affettivamente legato a Cortona. Di grande interesse, per comprendere il percorso pittorico dell’artista, è una serie di sue pubblicazioni e di documenti (lettere, cataloghi di mostre, fotografie), raccolte assieme alle pitture. Un suo ritratto in bronzo è opera dello scultore Nino Franchina, suo genero. Fra le opere giovanili, è di grande suggestione La Bohémienne del 1905, che risente della gioiosa atmosfera parigina dell’inizio del secolo; il classicismo severiniano è testimoniato dalla notissima Maternità del 1916. Più recenti (1964) sono le due composizioni polimateriche della serie L’Age industriel, che richiamano lontane sperimentazioni dell’epoca precedente la Grande Guerra. La raccolta è completata da una serie di disegni, gouaches, litografie e composizioni musive, fra cui una testa di Cristo recentemente donata da Romana Severini, figlia dell’artista, all’Accademia.